Créée par le Parlement croate en janvier 1917, ce qui constitue un précédent dans l’enseignement supérieur croate et témoigne qu’il existait déjà à l’époque une prise de conscience de l’importance de la médecine universitaire sur le terrain national, non seulement pour le développement de la profession médicale, mais aussi de toute la société.
Les cours ont officiellement commencé un an plus tard après la conférence inaugurale de Drago Perović sur la direction de l’enseignement et de la recherche en anatomie dans le hall de l’Université de Zagreb.
Les premiers professeurs ont été nommés, ce qui a été suivi par la création des instituts: Département d’anatomie, Institut de morphologie‐biologie, Institut médico‐chimique, Institut de physiologie, Institut pathologique‐anatomique, Département de pathologie expérimentale générale et Institut de pharmacologie et de santé publique.
Dans la période de 1920 à 1922, la plupart des départements cliniques ont également été créés.
En 1927, l’École de médecine de Zagreb comptait au total 17 établissements d’enseignement, parmi lesquels le plus ancien était l’hôpital des Sœurs de la Miséricorde, et en 1937 ce nombre est passé à 19. La plupart des zones de la Faculté se trouvaient à Šalata, dans la zone qui était destiné à la construction de toute la faculté de médecine. Au cours de l’année universitaire 1938/39, le nombre total d’étudiants à la Faculté était de 921.
Après la Seconde Guerre mondiale, il y avait un besoin de plus de médecins, ce qui, au cours de l’année 1948/49, a entraîné une augmentation significative du nombre d’étudiants (2855).
Depuis l’année universitaire 1965/66, la pratique de l’inscription limitée aux termes d’un examen d’entrée est établie.